「常願寺川」の名称は鎌倉時代になって文献に現れる。古くは新川（ニヒ川、にいかわ）と呼ばれたり、上流下流でそれぞれ様々な呼称が用いられた（新川は新川郡の名の由来ともなっている）。流域の地名を取って大森川（おおもりがわ）・水橋川（みずはしがわ）・岩峅川（いわくらがわ）・芦峅川（あしくらがわ）とも呼ばれた。
